Garuda Laut menceritakan tentang kekuasaan Organisasi dunia yang di sebut New World Order, yang mulai mengibarkan perperangan di mana mana, oleh sebab itu Garuda Laut mendapat pesan dari satelit C6 setelah jakarta terkena serangan Bom Nuklir, Indonesia lewat Garuda Laut mencoba merebut kembali wilayah indonesia di bantu oleh tentara kekaisaran jepang.

A. Mithril

Organisasi rahasia milik kekaisaran Jepang, organisasi ini tidak di ketahui oleh Perdana mentri, anggota dewan dan orang orang pemerintah lainya. Yang mengetahui hanya Kaisar sendiri, Mithirl di bentuk pada saat perang dunia ke 2, dimana China masih terbagi menjadi dua , Jerman masih terbagi dua, untuk melindungi Jepang, Kaisar pun membentuk organisasi MITHRIL dengan sangat rahasia

B. Macross

Special Force Angkatan Udara Jepang, yang di bentuk untuk menghadapi toriris yang menyalah gunakan tehnologi robot besar, yang di anggap dapat mengganggu ke stabilan ke amanan udara Jepang, di bekali dengan tehnologi yang sangat tinggi dalam pertempuran udara dan darat.

C. Gundam Union

Bukan organisasi milik pemerintah, melainkan bergerak sendiri dengan idiologi sendiri, mereka percaya kedamaian hanya dapat di peroleh dengan perperangan, Robot tempur GUNDAM di buat tanpa di ketahui dari mana asalnya di kerjakan dengan sangat rahasia dan tehnologinya tidak kalah dengan tehnologi yang lain kemampuan yang hanya di miliki Gundam adalah pertarungan dan kemampuan yang tidak dapat di prediksi dan mereka juga mampu bertempur di luar angkasa

D. Garuda Laut

Garuda Laut hampir sama dengan Mitril hanya saja, Garuda Laut hanya di ketahui oleh presiden, untuk pergantian presiden berkas Garuda Laut akan di berikan kepada presiden selanjutnya, sebuah berkas yang di terbitkan oleh presiden dan hanya untuk presiden, markas dari Garuda Laut adalah sebuah kapal selam besar dengan awak 300 orang, yang di mana semua identias mereka di rahasiakan dan hanya di ketahui oleh presiden.